Dans ce jeu asymétrique, la maison Harkonnen doit dominer Arrakis avec ses troupes et garder les épices coulantes, de peur qu’ils ne perdent le soutien des grandes puissances de l’Imperium.
Parallèlement, le jeune chef des Atréides devenu messie, Paul-Muad’Dib, doit conduire les rebelles Fremen et lutter avec ses visions prescientes, trouvant son chemin entre le destin d’Arrakis, le djihad inexorable, et le destin du Kwisatz Haderach.
Alors que les Harkonnens comptent sur leurs véhicules, comme les Ornithoptères et les Carryalls, pour déplacer leurs forces et éviter les dangers du désert, les Atréides exploitent la puissance du désert, conduisant les colossaux vers de sable dans la bataille.
Chaque faction utilise différentes stratégies, complétées par ses leaders uniques et des ensembles de cartes de planification, pour atteindre ses propres conditions de victoire.